Génotypage des SNP
Le Centre de Pharmacogénomique offre une gamme complète de services de génotypage clinique effectués sur diverses plateformes. Nous collaborons avec nos clients pour déterminer quelle technologie correspond le mieux à leurs besoins et leur offrons des solutions de génotypage à l’aide de panels standard commerciaux, ou personnalisés, mis au point en fonction de leurs spécifications.
Pour obtenir de plus amples renseignements sur les technologies décrites ci-dessous, veuillez communiquer avec Michael Phillips par courriel à mphillips@pgx.ca.
Technologies de SNP à petite ou à moyenne échelle
Analyseur INFINITI® d’AutoGenomics
Il s’agit du système idéal pour le génotypage à bas débit (24 à 96 échantillons par jour) pouvant accepter jusqu’à 25 SNP par panel. Ce système automatisé comprend des matrices d’hybridation (microréseau BioFilmChipTM), des amorces PCR, un thermocycleur, un imageur (microscope confocal) ainsi qu’un logiciel servant à la détection multiplexée et au typage génétique. Les clients peuvent sélectionner des panels standard (p. ex., warfarin, 2D6, 3A4, 3A5, tamoxifène) ou demander des panels personnalisés qui incorporent les SNP qui les intéressent. Pour obtenir de plus amples renseignements, visitez le site www.autogenomics.com.
Technologie de génotypage GenomeLab SNPstream (anciennement Orchid SNPstream UHT)
La technologie SNPstream (BeckmanCoulter) convient parfaitement aux projets de moyenne envergure, où il faut obtenir un score entre 10 et 300 SNP sur quelques centaines à quelques milliers d’échantillons d’ADN. Notre personnel est disponible pour faciliter la sélection des SNP selon vos exigences fondées sur la région et la densité de la population.
La réaction du génotypage consiste en un PCR multiplex (12-plex ou 48-plex) suivi de l’extension d’une seule base à l’aide d’amorces matrice-dirigée et de nucléotides terminateurs marqués (ddNTPs). Les produits sont ensuite séparés par hybridation sur un réseau de sondes universelles imprimées sur une surface de verre. Bien que la technologie SNPstream soit conçue pour le génotypage des SNP, elle permet aussi certaines insertions/délétions, mais non l’utilisation de marqueurs microsatellites.
La technologie GenomeLab SNPstream offre un taux de conversion des essais d’environ 80 à 85 %. Le taux de réussite du génotypage est de 90 à 95 %, pour un taux d’erreur de moins de 0,5 %. Pour obtenir de plus amples renseignements, consultez Bell et al., 2002 BioTechniques 32: S70-S77 ou visitez le site http://www.beckmancoulter.com.
Analyseur MassARRAY Compact de Sequenom
L’analyseur MassARRAY Compact est un spectomètre de masse de table MALDI-TOF automatisé conçu spécialement pour les applications génétiques. La technologie iPLEX Gold repose sur la technique biochimique d’extension d’amorce à base unique, et les essais peuvent être multiplexés (jusqu’à 40 SNP en une seule réaction), ce qui permet un rendement allant jusqu’à 150 000 génotypes par jour, par instrument. Les applications de génotypage iPLEX comprennent le suivi des études d’associations du génome complet, la détection de mutations et des études d’associations de maladies. Notre personnel technique peut mettre au point et valider des panels selon les spécifications des clients. De plus, le Centre offre des panels nutrigénomiques ou d’antigènes du sang élaborés sur place à l’aide de la technologie de Sequenom.
Le taux de conversion des essais se situe entre 80 et 90 %, selon les projets. Le taux de réussite du génotypage est de 90 à 95 %, pour un taux d’erreur de moins de 0,5 %. Pour obtenir de plus amples renseignements, consultez Ehrich et al., 2005 Nucl Acids Res 33:e38 ou visitez le site http://www.sequenom.com.
Technologies de SNP à grande échelle
iScan Reader d’Illumina
Le Centre offre un service de génotypage à débit élevé de haute qualité sur les plateformes technologiques d’Illumina. Le nouveau système iScan, qui appuie tous les produits d’analyse génétique fondés sur la technologie BeadChip, permet de signaler jusqu’à 225 millions de génotypes par jour au moyen du système Infinium HD BeadChips. Tous les produits Infinium BeadArray peuvent être utilisés pour effectuer le génotypage (p. ex., Human IM-Duo, Human 610-Quad, Human CNV370-Quad, Human 510S-Duo, BeadChips iSelect selon les prescriptions des clients). Les panels iSelect définis par les clients permettent un rendement de 6 000 à 60 000 SNP sélectionnés par l’utilisateur. Nous pouvons également effectuer des essais GoldenGate sur des ensembles de marqueurs SNP standard ou personnalisés. Pour obtenir de plus amples renseignements, visitez le site www.illumina.com.
BeadXpress Reader d’Illumina
Le système BeadXpress Reader, qui s’appuie sur la technologie VeraCode, offre un rendement de 1 à 384 essais par échantillon et la capacité de traiter jusqu’à 96 échantillons en parallèle afin d’obtenir une analyse souple, personnalisable et rentable. L’essai GoldenGate d’Illumina est conçu pour un génotypage de SNP à grande échelle. La plateforme a une capacité de plus d’un million de génotypes par jour et permet le génotypage de 384 à 1 536 SNP en parallèle.
La réaction du génotypage GoldenGate consiste en une réaction d’extension allèle-spécifique suivie d’une amplification par PCR. Les produits amplifiés sont par la suite hybridés sur une matrice de séquences de sondes dont chaque bille est revêtue de sondes universelles (jusqu’à 1536 différents). Ils sont représentés de nombreuses fois (en moyenne 25 fois) afin d’augmenter la précision.
Genome Analyzer II d’Illumina (Solexa)
Le Genome Analyzer II(offert fin 2008), qui s’appuie sur la technologie de séquençage Solexa, est un système de séquençage à haut débit générant >3 To de données par opération à 1/1000e du coût du séquençage traditionnel. Il comporte une grande gamme d’applications de séquençage génomique.
- Découverte et confirmation de SNP
- Identifier les réarrangements chromosomiques, y compris les variations dans le nombre de copies
- Cartographie des points de bris
- Détection des variantes rares
Pour obtenir de plus amples renseignements, veuillez communiquer avec nous par courriel à mphillips@pgx.ca
